Kipur günü Minha duası sırasında, Aftara'da Tanah'ın Yona kitabını okuruz. Tanrı Yona'ya bir emir verir:

Yona, bir ucundan diğerine yürümek üç gün sürecek kadar büyük bir şehir olan Nineve'ye giderek, oradaki insanları Teşuva yapmaya davet edecektir.

Nineve bir Asur şehridir. O dönemde Bene-Yisrael de günah işleme açısından pek parlak bir dönem yaşamamaktadır. Yona, Bene-Yisrael'in cezasının Asurlular tarafından işgal edilmek ve sürgüne gönderilmek olduğunu gördüğü için; Nineve halkının Teşuva yapmalarını istememektedir. Bu şekilde Bene-Yisrael zarar görmeyecektir. Bu sebeple Tanrı'nın emrini yerine getirmemek için Yafo'dan bir gemiye biner. Fakat Tanrı Yona'yı rahat bırakmaz.

Denizde çıkan bir fırtına sebebiyle gemi batma tehlikesi geçirince, gemidekiler bunun nedenini araştırırlar. Kendi tanrılarına dua ederler, eşyalarını denize atarlar. Sonunda suçluyu belirlemek üzere bir kura çekerler ve piyango elbette Yona'ya vurur. Yona sorunun gerçekten kendisinden kaynaklandığını söyler, onu denize atmaları halinde fırtınanın dineceğini belirtir. Gerçekten de Yona'yı denize atınca fırtına diner. Bir balık gelip Yona'yı yutar ve duayla geçen üç gece üç gün sonra tekrar karaya tükürür.

Yona sonra Nineve'ye gider Tanrı'nın emrini yerine getirir. Şehir halkına, Teşuva yapmamaları halinde şehrin yok olacağını bildirir. Nineve halkı Yona'nın sözlerini dinlerler ve tüm halk, hayvanlar bile dahil olmak üzere, yas işareti olarak çuvallar giyer, çalıntı tüm malları iade ederler ve Teşuva yaparlar. Tanrı onları affeder. Yona ise bu işten memnun olmaz. Fakat Tanrı ona bir ders verir.

Yona şehir dışında bir yerde bir çardak kurup altında oturur. Kikayon adlı bir bitki biter ve Yona'ya güzel bir gölge yapar; Yona'nın keyfi yerindedir. Fakat Tanrı bir böcek göndererek bu bitkinin kurumasını sağlar. Sonra güneş çıkar ve artık gölge olmadığı için Yona bayılacak duruma gelir; "öleyim daha iyi" der. Tanrı ona, "Kikayon için gerçekten bu kadar üzülüyor musun?" der. Yona'nın cevabı "Ölecek kadar üzgünüm" şeklinde gelir. Tanrı bunun üzerine ona şu sözleri söyler: "Hiç emek vermediğin, yetişmesinde hiç pay sahibi olmadığın, bir gecede çıkıp bir gecede yok olan kikayona acıyorsun. Ya Ben? İçinde 120.000'den fazla sağını solunu bilmeyen insanın ayrıca bir sürü de hayvanın yaşadığı Nineve şehrine acımayayım mı?" Kitap bu sözlerle sona erer.

Yom Kipur'da Yona kitabını okumamızın çeşitli sebepleri vardır:

[1] Yona'nın anlatımı, içten Teşuva'nın, en ağır Tanrısal kararı bile tersine çevirebilecek güçte olduğunu göstermektedir (Levuş). 
[2] Yahudi olmayan Nineve halkının yaptığı Teşuva, bizler için de önemli bir örnek teşkil eder (Şela Akadoş). 
[3] Yona'nın kaçışını engelleme konusunda kullanılan Tanrısal mucizevi yöntemler, kimsenin Tanrı'dan kaçamayacağını göstermektedir (Abudaram). Yom Kipur'la bağlantısız olarak, Yona kitabının bir başka önemi, Tanrı'nın tüm dünya üzerindeki şefkatini yansıtmasıdır.